Du bist Sergeant Rex Colt: Mark IV Cyber Commando. Das Jahr ist 2007 und die Erde wurde von einem Atomkrieg heimgesucht, der in den 90er Jahren ausbrach. Der Konflikt zwischen Ost und West wütet seit Generationen, und die Menschheit kämpft nach einem verheerenden Jahrzehnt weiter um Fortschritte.
Es müssen neue Wege für den Frieden gefunden werden, und die US-Cyborg-Armee könnte eine Lösung gefunden haben: eine mächtige Biowaffe auf einer fernen Insel. Deine Mission ist es, Informationen zu sammeln und herauszufinden, was zum Teufel los ist.