Die Metro spielt im postapokalyptischen Russland. Die Menschheit lebt unterirdisch, nachdem der Atomkrieg die Oberfläche in eine giftige Ödnis verwandelt hat, die von Monstern überflutet wurde. Dies ist eine Welt, die so hart ist, dass Kugeln zu einer Form der Währung geworden sind.
Die Spieler übernehmen die Rolle von Artyom, einem jungen Mann, der sein ganzes Leben lang in der russischen Metro aufgewachsen ist. Als mysteriöse Humanoide namens Dark Ones seine Heimatstation Exhibition angreifen, geht Artyom weg, um Hilfe von anderen überlebenden Menschen zu erhalten. Zu ihm gesellt sich Khan, ein verdächtig talentierter Soldat und vage zentralasiatischer Wanderer, der viel über seltsame Phänomene in der Metro zu wissen scheint.
Aber Monster sind nicht die einzige gefährliche Sache in der Metro. Die Kommunisten der Roten Linie und die Neonazis des Vierten Reiches führen seit Jahren Krieg, und Artyom gerät ins Kreuzfeuer.
Als Artyom schließlich die Dunkelmächte findet, bombardiert er sie in die Luft. Leider war dies ein Deppenzug, denn es stellte sich heraus, dass die Dunkelkräfte tatsächlich Menschen waren, die von den Atomwaffen mutiert waren, und sie handelten die ganze Zeit in Notwehr. Hoppla. Weiter zum nächsten Spiel.